Sedacja ma na celu wprowadzenie pacjenta w stan snu i w ten sposób unieruchomienie go na czas badania, co pozwala na prawidłowe przeprowadzenie procedury. Stosuje się ją w przypadku dzieci, którym trudno pozostać w bezruchu oraz u dorosłych cierpiących na silną klaustrofobię. Oszczędza to badanym stresu i pozwala na sprawne wykonanie rezonansu.

Pacjentowi zakładane jest wkłucie dożylne, przez które podaje się środek do sedacji. Dawka jest dostoswana do wagi pacjenta.

Przez całe badanie, niezależnie od tego, czy trwa ono 15  czy 60 minut, pacjent jest wyciszony i śpi. Nie ma powodów, by obawiać się przedwczesnego wybudzenia w trakcie badania – w rzadkich przypadkach, gdy Pacjent zaczyna się ruszać przed ukończeniem obrazowania (co oznacza, że lek przestaje działać),  lekarz od razu podaje dodatkową dawkę, przez co pacjent natychmiast zasypia ponownie.

Zanim Pacjent zostanie poddany dożylnej sedacji (czyli zanim zaśnie), rodzice czy opiekunowie prawni, są cały czas z pacjentem. Rodzina może obserwować swojego bliskiego jeszcze chwilę po tym, gdy ten przeniesiony zostaje do pracowni rezonansu i leży na stole aparatu rezonansu magnetycznego. Dopiero po rozpoczęciu badania osoby towarzyszące są zapraszane do poczekalni.

Zaraz po zakończeniu badania Pacjenta przenosi się do sali wybudzeń, gdzie zapraszane są osoby towarzyszące, które spędzają czas z pacjentem (tyle, ile potrzebują). Odgórnie zaleca się, żeby Pacjent pod opieką lekarza przebywał jeszcze 1-2h. O tym, kiedy po wybudzeniu Pacjent może opuścić centrum, decyduje lekarz.